Với chủ trương của Đảng và Nhà nước, trong kỳ họp lần thứ 10 (khóa VIII) Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam quyết định tách tỉnh Hậu Giang thành 02 tỉnh Sóc Trăng và Cần Thơ vào ngày 26 tháng 12 năm 1991. Tỉnh Sóc Trăng chính thức đi vào hoạt động vào đầu tháng 4/1992, gồm 07 huyện: Mỹ Tú, Kế Sách, Thạnh Trị, Mỹ Xuyên, Long Phú, Vĩnh Châu và Thị xã Sóc Trăng.
Theo đó, Toà án nhân dân tỉnh Sóc Trăng cũng được thành lập và đi vào hoạt động vào giữa tháng 4/1992 để thực hiện chức năng xét xử các loại vụ án theo quy định của Hiến pháp và pháp luật. Ngay từ khi mới thành lập với biên chế gồm 16 cán bộ, nhân viên, trong đó có Chánh án, 01 Phó Chánh án, Thẩm phán, thư ký và các chức danh khác, Toà án đi vào hoạt động trong điều kiện trang thiết bị thiếu thốn, trụ sở được tiếp nhận từ trụ sở Toà án của Ngụy quyền mà Pháp xây dựng cách đây hơn 100 năm. Bộ máy giúp việc gồm: Toà hình sự, Toà dân sự, Phòng Thi hành án, Văn phòng và 07 đơn vị Toà án cấp huyện trực thuộc gồm: Toà án nhân dân huyện Mỹ Tú, Toà án nhân dân huyện Kế Sách, Toà án nhân dân huyện Thạnh Trị, Toà án nhân dân huyện Mỹ Xuyên, Toà án nhân dân huyện Long Phú, Toà án nhân dân huyện Vĩnh Châu và Toà án nhân dân Thị xã Sóc Trăng.
Trước yêu cầu cải cách tư pháp và hoàn thiện pháp luật, chức năng thi hành án dân sự của Tòa án cũng được tách ra thành lập cơ quan thi hành án dân sự trực thuộc Sở Tư pháp. Theo đó, năm 1993 Toà án nhân dân tỉnh Sóc Trăng cũng thành lập Phòng Giám đốc kiểm tra (được hình thành từ một phần chức năng hoạt động của phòng Thi hành án) với chức năng giám đốc thẩm, tái thẩm các loại vụ án đã có hiệu lực pháp luật và theo dõi công tác thi hành án hình sự. Đồng thời, theo yêu cầu pháp triển của pháp luật theo hướng chuyên sâu, hệ thống Tòa án cũng thành lập nhiều Tòa án chuyên trách trong các lĩnh vực: hình sự, dân sự, hôn nhân và gia đình hành chính, kinh doanh thương mại, lao động và phá sản doanh nghiệp,… Từ đó, Toà án nhân dân tỉnh Sóc Trăng cũng thành lập thêm các Toà chuyên trách các phòng nghiệp vụ như: Toà hình sự, Toà dân sự, Toà Hành chính – lao động, Toà kinh tế, Phòng Giám đốc kiểm tra, Văn phòng và Phòng Tổ chức cán bộ.
Trong những năm tiếp theo, trước yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội, các đơn vị hành chính cấp huyện của tỉnh Sóc Trăng được chia tách và thành lập thêm 04 huyện mới (Cù Lao Dung, Ngã Năm, Châu Thành và Trần Đề). Các đơn vị Toà án cấp huyện cũng được thành lập tương ứng.
Thực hiện Hiến pháp năm 2013 và Luật tổ chức Toà án nhân dân năm 2014, Toà án nhân dân tỉnh Sóc Trăng đã đổi tên một số phòng như: Phòng tổ chức cán bộ thành Phòng Tổ chức cán bộ, Thanh tra và Thi đua khen thưởng; Phòng giám đốc kiểm tra thành Phòng Kiểm tra nghiệp vụ và Thi hành án hình sự; thành lập thêm tổ Hành chính tư pháp trực thuộc Văn phòng.
Trải qua hơn 20 năm hoạt động, Toà án nhân dân tỉnh Sóc Trăng không ngừng được kiện toàn về tổ chức, đội ngũ cán bộ công chức càng lớn mạnh và trưởng thành theo chủ trương cải cách của Đảng và Nhà nước. Từ một đơn vị Toà án nhân dân tỉnh với 7 đơn vị Toà án nhân dân cấp huyện, nay đã có 11 đơn vị Toà án nhân dân cấp huyện được tổ chức và hoạt động theo luật Tổ chức Toà án nhân dân năm 2014. Với những thành tích đã đạt được, Toà án nhân dân hai cấp tỉnh Sóc Trăng vinh dự được Đảng, Nhà nước tặng thưởng nhiều danh hiệu cao quý như: Huân chương Lao động hạng Ba; Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ; Cờ thi đua Toà án nhân dân …